Düşman birlikleri 25 Nisan 1915 günü Seddülbahir ve Arıburnu bölgesinden ilk çıkarma hareketine başladı. Ancak çıkarma hareketi ilk gün karşısında Mustafa Kemal'i buldu. Mustafa Kemal, çıkarmanın başladığını görür görmez, kuvvetlerini süratle Bigalı'dan Conkbayırı'na sevketmişti. Arıburnu'ndan Conkbayırı'na ilerleyen İngiliz kuvvetleri, o gün, Mustafa Kemal'in komuta ettiği 19. Tümen kuvvetlerinin taarruzu ile geri çekilmeye mecbur edildi.
Conkbayırı taarruzunda Türk askeri görülmemiş bir inanç ve cesaretle savaşıyor, tarihin en büyük kahramanlık sahneleri sergileniyordu. Dâhi komutan, kumandanlara verdiği emre şu cümleleri de ilâve etmişti: "Ben, size taarruz emretmiyorum; ölmeyi emrediyorum! Biz ölünceye kadar geçecek zaman zarfında yerimize başka kuvvetler ve kumandanlar geçebilir!"
25 Nisan 1915 günü başlayan çıkarma, kuvvetlerimiz tarafından kıyıya kadar itilmesine rağmen düşman, 26 ve 27 Nisan 1915 günleri de çıkarma harekâtına devam etti. İlerlemek isteyen İngilizlerle yer yer şiddetli çarpışmalar oldu; ancak her taarruz Türk askerinin kahramanca savunması karşısında başarısız kaldı. Mustafa Kemal, Çanakkale Cephesindeki bu üstün başarıları üzerine 1 Haziran 1915'de Albaylığa terfi etti.
Düşman, Çanakkale'de başarı sağlayamamasına, ilerleme gösterememesine rağmen, yeni bir çıkarma yapmada kararlıydı. Düşünülen çıkarmanın gerçekleşebilmesi için, her şeyden önce ilk direnç hatlarını oluşturan Arıburnu ve Seddülbahir'deki Türk kuvvetlerinin yerlerinden sökülmesi gerekiyordu. İngilizler, bu amaçla 6 ve 7 Ağustos l9l5 günleri, takviyeli kuvvetlerle yeni bir taarruz daha denediler; düşman kuvvetleriyle, kuvvetlerimiz arasında şiddetli muharebeler oldu. Ancak, Mustafa Kemal'in aldığı önlemIer sayesinde düşmanın bu taarruzu da gelişme imkânı bulamadı. Arıburnu ve Seddülbahir'deki taarruz devam ederken İngilizler, 6 Ağustos 1919 akşamı Çanakkale'nin güney kıyılarına da asker çıkararak ilerlemeye başladı. Bu suretle, Anafartalar Bölgesi de ansızın kritikleşti.
Gelişen bu buhranlı durum üzerine Liman von Sanders'in emri ile komuta değişikliği yapılarak, "Anafartalar Grubu Komutanlığı'na 8 Ağustos 1915 tarihinde Albay Mustafa Kemal getirildi. 9 Ağustos 1915 günü komutayı ele alan Mustafa Kemal, beklemeksizin aynı gün yaptığı taarruz ile ilerleyen İngiliz kuvvetlerini tekrar çıkarma yaptıkları kıyılara itti. Aynı günün akşamı Conkbayırı bölgesine geçerek buradaki kuvvetleri de 10 Ağustos 1915 sabahı taarruza geçirdi. Böylece düşmanın ilerlemesine imkân verilmemiş; aksine tutunduğu mevzilerden tamamen çıkarılarak Anafartalar bölgesine tam anlamıyla hâkim olunmuştu.

Mustata Kemal, 25 Nisan 1915 taarruzunda olduğu gibi 9 ve 10 Ağustos taarruzlarında da bizzat ateş hattında bulunmuş, ateş hattından emirler vermiş, bu davranışı yanındaki subay ve erler için ifadesi imkânsız cesaret kaynağı olmuştu.
Conkbayırı'nda kalbini hedef alan bir kurşun, cebindeki saate çarpıp geri döndüğünden mutlak bir ölümden kurtuldu. Bu muharebeler esnasında gösterdiği kahramanlık, azim ve yüksek kumanda kudreti, kendisine memleket içinde ve dışında büyük ün sağladı. Artık O, "Anafartalar Kahramanı" olarak anılıyordu. Aylarca süren çıkarma ve savaşlar sonucu ilerleme kaydedemeyen İngilizler; nihayet 1915 yılı Aralık sonunda müttefikleriyle beraber Çanakkale'den çekildiler. Düşmanların Çanakkale Boğazı'nı geçememesi, İstanbul'un işgalini önlemiş; İngilizlerin, Marmara ve Karadeniz üzerinden müttefikleri Rusya ile bağlantı kurma hayallerini söndürmüştü. Bütün bu olaylar, bir anlamda, I. Dünya Savaşı'nın akışını da etkiliyor, dünya tarihinin yönünü değiştiriyordu. Bu savaşlarda İngilizler insan, araç ve gereç yönünden Türklerden şüphesiz ki çok fazla idi; ancak onların unuttukları nokta, Türk askerinin tarihsel kahramanlığı ve bu kahramanlığı yönlendiren Mustafa Kemal faktörü idi.
Mustafa Kemal, Çanakkale Muharebelerinin eski şiddetini kaybettiği 1915 yılının son aylarında, son bir taarruzla düşmanı tutunduğu kıyılardan da sökerek onu tam mağlûp duruma düşürmek görüşünde idi. Ancak bu teklifi, Ordu Komutanı Liman von Sanders tarafından, düşmanın da kıyıdan yapacağı topçu ateşinin ağır zayiat verdirebileceği endişesiyle benimsenmedi. Artık bu cephede yapacak bir şey kalmamıştı. Mustafa Kemal,10 Aralık 1915'te "Anafartalar Grubu Komutanlığı"nı, Fevzi (Çakmak) Paşa'ya bırakarak izinli olarak Çanakkale den ayrıldı; İstanbul a döndü.
Mustafa Kemal, 27 Ocak 1916'da karargâhı Edirne'de bulunan Onaltıncı Kolordu Komutanlığına atandı. Kısa süre sonra bu Kolordu'nun aynı isimle Diyarbakır'da kurulması kararı üzerine yine Kolordu Komutanı olarak 11 Mart 1916'da Diyarbakır-Bitlis-Muş Cephesi'ne tayin edildi. Mustafa Kemal, 26 Mart 1916'da Diyarbakır'a gelerek komutayı ele aldı.1 Nisan 1916 da Generalliğe yükseltildi. Diyarbakır'a gelişini takiben kısa bir hazırlıktan sonra 3 Ağustos 1916 sabahı emrindeki kuvvetleri, Bitlis ve Muş yönünde taarruza geçirdi; Ruslar'la iki tümenimiz arasında taarruz ve karşı taarruz şeklinde şiddetli çarpışmalar oldu. Nihayet 8 Ağustos 1916 sabahı Muş, aynı günün akşamı Bitlis, kuvvetlerimiz tarafından düşman işgalinden kurtarıldı. Muş; ne yazık ki 25 Ağustos 1916'da tekrar Rusların eline düşmüştü. Mustafa Kemal Paşa, 2. Ordu Komutanlığı sırasında, 14 Mayıs 1917'de Muş'u ikinci defa Rus işgalinden kurtardı.
Mustafa Kemal Paşa, Aralık l9l6'da Ahmet İzzet Paşa'nın izinli olarak bir süre İstanbul'a gitmesi üzerine vekâleten 2. Ordu Komutanlığı'na tayin edildi. Karargâhı Diyarbakır'da olan bu ordunun Kurmay Başkanı Albay İsmet (İnönü) Bey'di. Büyük Komutan'ın, İnönü ile yakından tanışması, emir-komuta zinciri içinde çalışması bu tarihlere rastladı.
Mustafa Kemal Paşa,14 Şubat 1917'de Hicaz Kuvve-i Seferiyesi Komutanlığına atanması üzerine Şam'a giderek Sina Cephesi'ni teftiş etti ise de 5 Mart 1917 tarihinde Diyarbakır'da 2. Ordu'ya vekâleten komutan atandı. Tekrar Diyarbakır'a dönen Mustafa Kemal Paşa,16 Mart 1917'de asaleten 2. Ordu Komutanlığına getirildi. Fakat bu görevde de çok kalmayarak 5 Temmuz 1917 tarihinde Yıldırım Orduları Grubu Komutanlığına bağlı olarak Halep'te kurulması kararlaştırılan 7. Ordu'nun başına getirildi. Bu cephenin umumî idaresi Falkenhein adlı bir Alman generaline verilmişti. Mustafa Kemal Paşa,15 Ağustos 1917 günü Halep'e gelerek göreve başladı. Fakat bir süre sonra General Falkenhein ile aralarında askerî görüşler ve uygulanacak harekât bakımından anlaşmazlık çıktı; bu anlaşmazlık sonucu Mustafa Kemal Paşa,1917 Ekim başlarında istifa mecburiyetinde kaldı. Kendisine tekrar Diyarbakır'daki eski görevi teklif edildi ise de kabul etmeyerek İstanbul'a geldi. 7 Kasım 1917'de Genel Karargâh'ta görevlendirildi. Ancak kısa süre sonra Veliaht Vahdettin Efendi'nin maiyetinde Alman Umumî Karargâhını ve Alman Cepheleri'ni ziyaret etmek üzere Almanya seyahatine iştirak etti.15 Aralık 1917 - 4 Ocak 1918 arasını kapsayan bu seyahat esnasında Mustafa Kemal, Alman askerî çevrelerinde incelemeler yaparak, Alman İmparatoru II. Wilhelm ve devrin tanınmış komutanlarıyla görüştü. Onlara -hoşlanmasalar da- I. Dünya Harbi'nin muhtemel sonuçları hakkındaki görüşlerini açıkça ve belirgin şekilde anlatıyordu.
Mustafa Kemal Paşa, 20 gün süren Almanya seyahatinden İstanbul'a döndükten bir süre sonra böbrek rahatsızlığı nedeniyle Viyana ve Karlsbad'a giderek tedavi gördü. 13 Mayıs 1918 - 4 Ağustos 1918 arasını kapsayan bu seyahat dönüşü General Falkenhein'in yerine Yıldırım Ordular Grubu Komutanlığına getirilmiş olan General Liman von Sanders'in emrindeki 7. Ordu'ya Ağustos 1918'de tekrar komutan oldu ve 15 Ağustos 1918 günü Halep'e geldi. Mustafa Kemal, bu cephede İngilizlere karşı başarılı müdafaa savaşları yaptı. Takviyeli İngiliz kuvvetleri karşısında, O'nun maharet ve dirayeti sayesinde, bu bölgedeki Türk Ordusu dağılmaktan kurtarılmış; büyük bir düzen içinde Halep'e kadar çekilme başarısını göstermişti. Fakat I. Dünya Savaşı Almanya ve müttefikleri aleyhine gelişiyordu. 29 Eylül 1918 tarihinde Bulgaristan savaştan çekilmiş, 4 Ekim 1918 tarihinde de Almanya mütareke istemişti. İstanbul'da Talat Paşa kabinesi istifa etmiş, yeni kabineyi Ahmet İzzet Paşa kurmuştu. Bu gelişmeler karşısında Mustafa Kemal Paşa, yetkili makamlara, askerî ve siyasî önerilerine devam etti ise de yine kabul ettiremedi. Nihayet 30 Ekim 1918 tarihinde de Osmanlı Devleti, itilâf devletleri ile Mondros Mütarekesi'ni imzalayarak l. Dünya Savaşı'ndan çekildi.
Mustafa Kemal Paşa, Mondros Mütarekesi'nin imza edildiği günün ertesi, 31 Ekim 1918 tarihinde Yıldırım Ordular Grubu Komutanlığına getirildi ise de artık yapacak bir şey kalmamıştı. 7 Kasım 1918 tarihinde bu Grup Komutanlığı'nın da Padişah iradesiyle kaldırılması üzerine Adana'dan hareketle 13 Kasım 1918 günü İstanbul'a geldi. Artık Türkiye, mütareke şartlarını yaşıyordu ve kendisi de Harbiye Nezareti emrine verilmiş bir Ordu Komutanı idi.
Memleket ve milletin içinde bulunduğu şartlar ağır idi. Büyük bir savaş sonunda, mağlup bir devlet olarak 30 Ekim 1918'de "Mondros Mütarekesi" adı verilen, şartları ağır bir anlaşma imzalanmış, bu anlaşma şartlarına dayanılarak memleketin birçok bölgesi galip devletlerce işgal edilmiş, ordumuz dağıtılmış, bütün silâh ve cephane galip devletlerin emrine verilmişti. Osmanlı memleketleri tamamen parçalandığı gibi, Türk'ün ana yurdu, Anadolu da galip devletler arasında taksime uğruyordu. İtalyanla, Antalya'ya çıkmıştı. İskenderun, Adana, Mersin, Antep, Maraş, Urfa işgal altında idi. Kars'ta İngilizler idareyi ele almıştı. Trakya, işgal altında idi. Düşman donanması İstanbul sularında demirlemişti. Çanakkale ve İstanbul Boğazları tutulmuştu. İstanbul ve İstanbul Hükûmeti İtilâf Devletleri'nin baskı ve kontrolü altında idi. Padişah ve hükûmet, düşmanlara âlet olmuş, âciz ve şaşkın bir vaziyette sadece kendileri için emniyet ve kurtuluş yolu aramakta idiler. Anadolu'nun her şehrinde ecnebi subaylar dolaşıyor, İtilâf Devletleri temsilcisi sıfatıyla direktifler veriyorlardı. Yunanlılar da İzmir'i işgal hazırlıklarıyla meşguldü; bu yolda büyük çaba harcıyorlar, İtilâf Devletler'ini iknaya çalışıyorlardı. Nihayet, 15 Mayıs 1919'da bu gayelerine eriştiler.
Olayların bu şekilde gelişeceğini Mustafa Kemal, önceden sezinlemişti. Nitekim Mondros Mütarekesi'nden 5 gün sonra, 5 Kasım 1918'den itibaren Harbiye Nezaretinden Mondros Mütarekesi gereğince ordulara terhis emirleri gelmeğe başladı. Atatürk, aynı gün Adana'dan Sadrazam Ahmet İzzet Paşa'ya ilk ikaz telgrafını çekti: "Ciddî olarak arzederim ki gereken tedbirleri almadıkça orduyu terhis etmeyiniz! Şayet orduları terhis edecek ve İngilizlerin her dediğine boyun eğecek olursak düşman ihtiraslarının önüne geçmeğe imkân kalmayacaktır." Bu, Atatürk'te, her şey bitti zannedilen bir zamanda da kurtuluş ümidinin sönmediğini, pek çoklarının düştüğü yeis ve ümitsizliğe asla kendisini kaptırmadığını gösterir.
Fakat, acıdır ki Mustafa Kemal Paşa tarafından yapılan bütün bu haklı itirazlar etkisiz kalır ve ordunun terhisine sür'atle devam edilir. Çünkü genel kanaat, İtilâf Devletleri ile herhangi bir mücadeleye giremeyeceğimiz, böyle bir mücadelenin aleyhimize sonuçlanacağı idi. O halde İtilâf Devletleri'ni gücendirmeyecek, Mondros Mütarekesi şartlarını yerine getirecektik. İstanbul Hükûmetinin görüşü ve davranışı bu idi.
Padişah ve hükûmetini saran bu umutsuzluğa rağmen, milletimiz, haksız işgal ve istilâlara karşı nefsini müdafaa yolunda her çabayı gösteriyor; memleketin çeşitli yörelerinde düşmanla mahalli kuvvetler arasında çarpışmalar oluyordu. Diğer taraftan mütecaviz düşmana karşı koymak ve kurtuluş çareleri aramak üzere Anadolu'da yer yer millî teşkilâtlar oluşturuluyordu. Ancak bütün bu kuruluşlar, ayrı ayrı çalışmaları sebebiyle istenilen ölçüde etkili olamıyorlar, bütün memleketi kapsayan bir hareket ve birlik gösteremiyorlardı.
Mütareke Türkiyesi, aklın alamayacağı derecede karışık bir Türkiye'dir. Bölgesel direnme hareketlerine öncülük eden Müdafaa-i Hukuk, Muhafaza-i Hukuk, Redd-i İlhak gibi cemiyetlerin yanı sıra özellikle İstanbul'da güya kurtuluş çareleri arayan yüzlerce cemiyet kurulmuştu. İngiliz Muhipleri Cemiyeti, Wilson Prensipleri Cemiyeti, Türk-Fransız Muhipleri Cemiyeti, Cemiyet-i Akvam, Müzaheret Cemiyeti bunlann başlıcalarıdır. Kurtuluş çareleri değişikti. Bir kısmı İngilizlerin, bir kısmı Fransızların himayesini istiyordu, bir kısmı Amerikan mandasını öneriyordu. Bir kısım kimseler de Mondros Mütarekesi gereğince padişah ve halife için hükümranlık hakkı tanınan küçük bir bölgede Osmanlı Devleti'ni sembolik olarak devam ettirme düşüncesinde idiler. Memleketin içinde bulunduğu karışıklıktan istifade çareleri arayan bazı cemiyetler de vatan toprakları üzerinde millî birliği parçalayıcı faaliyetlere girişmişlerdi.
Bu durum karşısında ciddî ve gerçek karar ne olabilirdi.Tarih kültürü çok geniş olan ve tarihten sonuç çıkarmasını çok iyi bilen Atatürk, gerçek kararı sezmekte gecikmedi. Bu vaziyet karşısında bir tek karar vardı. O da millî egemenliğe dayanan, kayıtsız şartsız bağımsız yeni bir Türk Devleti kurmak idi. Atatürk'e göre önemli olan "Türk milleti'nin haysiyetli ve şerefli bir millet olarak yaşamasıydı. Ne kadar zengin ve refah içinde olursa olsun, istiklâlden mahrum bir millet, medeni insanlık karşısında uşak olmak mevkiinden yüksek bir muameleye lâyık görülemezdi. Yabancı bir milletin himaye ve efendiliğini kabul etmek, insanlık vasıflarından yoksunluğu, acizlik ve miskinliği itiraftan başka bir şey değildi. Halbuki Türk'ün haysiyet ve gururu çok yüksek ve büyüktü. Böyle bir millet esir yaşamaktansa mahvolsun daha iyiydi." Öyleyse Milli Mücadele'nin parolası "Ya istiklâl ya ölüm!" olacaktı.